...а зачем вообще ардуина нужна? это ж тупо плата с регулятором питания, разъёмами с портов контроллера, UART-USB интерфейсом и собссно атмегой в качестве контроллера. ну и программно голая атмега отличается от атмеги-в-ардуине только наличием зашитого ардуиновского бутлоадера.
ардуина в финальном девайсе будет смотреться нелепо, всё равно в конце концов на её месте будет голая мега.

в общем, я б в таком случае не парился с дуинами, и просто писал на сях под саму мегу.