всё зависит от серьёзности выполняемых задач,
т.е. если в raspberry есть железный ethernet, железная обработка HD-видео, и работает всё это под никсами (черпаю отсюда (http://ru.wikipedia.org/wiki/Raspberry_Pi)) - а следовательно писать придется под никсы, то ардуина это 8-битная AVR ATMega, под которую нужно писать, имея в голове представление о "железной" составляющей микроконтроллера. ну и производительность различается на порядки, в сторону распберри ессно.